Di tích chùa Thanh Mai thuộc xã Hoàng Hoa Thám, thành phố Chí Linh, tỉnh Hải Dương (nay là phường Nguyễn Trãi, thành phố Hải Phòng) được xây dựng trên núi Phật Tích thuộc cánh cung Đông Triều. Núi Phật Tích còn gọi là núi Tam Ban. Theo văn bia và các tư liệu hiện còn cho biết, chùa Thanh Mai được xây dựng từ thời Trần. Cuối thế kỷ XIII, Phật hoàng Trần Nhân Tông đã chọn vòng cung Đông Bắc để xây dựng những cơ sở thờ tự, tu thiền đầu tiên của dòng thiền Trúc Lâm như: Yên Tử, Ngọa Vân, Quỳnh Lâm, Thanh Mai, Côn Sơn, Vĩnh Nghiêm…Trong không gian văn hóa, tôn giáo đặc trưng đó chùa Thanh Mai có vị trí rất quan trọng là cầu nối giữa kinh đô Thăng Long với Thánh địa Trúc Lâm Yên Tử. Chùa Thanh Mai, nơi thờ tự đệ nhị Tổ Pháp Loa của Thiền phái Trúc Lâm.
Theo Bia ký và thư tịch cổ, trước đây Thanh Mai là một trung tâm thờ tự lớn của Phật Giáo, là Thiền Viện nơi tàng trữ kinh các và hoằng dương Phật pháp của dòng thiền Trúc Lâm. Song trải qua nhiều lần trùng tu tôn tạo, sự tàn phá của thiên nhiên và chiến tranh ngôi cổ tự đã bị hư hại vào cuối thế kỷ XIX.
Đầu thế kỷ thứ XX qua quá trình điền dã Khảo cổ học, các nhà khoa học đã thám sát và phát hiện cách chùa chính hơn 400m về phía Bắc là một hệ thống di tích kiến trúc, các di vật có niên đại thời Trần. Đi hơn 2km về khu vực Hố Bắc còn có dấu tích nền tảng của hai ngôi chùa, tục vẫn gọi là chùa bảy nền, chín nền. Ngày nay, chùa Thanh Mai đã được khôi phục xây dựng từng phần trên nền móng của các công trình cũ. Chùa có kiến trúc chữ Đinh (J) gồm: 7 gian Tiền Đường, 3 gian Thượng điện. Căn cứ vào bia Thanh Mai Viên Thông Tháp Bi dựng năm 1362 và quá trình khảo sát thực tế tại di tích: chùa Thanh Mai ngoài thờ Phật theo thiền phái Đại thừa còn thờ Đệ Nhị tổ Pháp Loa tôn giả. Về thân thế, sự nghiệp của Pháp Loa được tóm tắt như sau: Pháp Loa sinh ngày 7 tháng 5 năm 1284 quê ở hương Cửu La, thôn Đồng Hòa, Nam Sách (nay là phường Ái Quốc, thành phố Hải Phòng), cha là Đồng Thuận Mậu, mẹ là Vũ Từ Cứu. Tương truyền có lần mẹ ngài mộng thấy có một vị thần trao cho một thanh kiếm, bà vui vẻ nhận lấy rồi sau đó mang thai. Khi trở dạ sinh được một người con trai ông bà lấy làm mừng lắm đặt tên cho con là Đồng Kiên Cương. Kiên Cương tỏ ra là người thông minh học một biết mười, ông không chỉ tinh thông phật học mà cả nho giáo và lão giáo, từ nhỏ tới lớn đã không ăn những thứ hôi tanh, không nói lời xấu ác, rất biết trọng đức hiếu sinh. Năm Hưng Long thứ 12 (1304) Trần Nhân Tông đi giảng kinh thuyết pháp khi qua huyện Nam Sách Đồng Kiên Cương đã ra yết kiến. Thấy Kiên Cương là người có “Đạo Nhãn" (tức con mắt đạo), sau này có thể làm hưng thịnh cho phật pháp. Trần Nhân Tông đã hoan hỉ thu nạp làm đệ tử, đặt cho tên hiệu mới là Thiện Lai (luôn mạng lại điều thiện cho mọi người), cho theo hầu về chùa Long Động làm lễ xuống tóc và thụ giới Sa Di. Năm Hưng Long thứ 13 (1305) Giác Hoàng Điều Ngự Trần Nhân Tông đưa Thiện Lai về Liêu Kỳ Lân (Côn Sơn) cho thụ giới “Tỷ Khiêu" và giới Bồ Tát, đặt tên hiệu mới là Pháp Loa. Năm 1307, Pháp Loa 24 tuổi, Điều Ngự Trần Nhân Tông đã trao cho Y Bát và Tâm Kệ. Vào ngày mồng 1 tháng Giêng Năm Hưng Long thứ 16 (1308), tại Am Ngọa Vân Đông Triều, Pháp Loa được cử giữ chức trụ trì chùa Báo Ân ở Bắc Ninh, làm chủ Sơn Môn Yên Tử và được suy tôn là vị tổ thứ 2 của Thiền phái Trúc Lâm. Hơn hai mươi năm chủ trì thiền phái Trúc Lâm, Quốc sư kiểm lại những công việc Phật sự: Đúc tượng Phật kể cả lớn và nhỏ có hơn 1300 pho, tạo đại già lam được 2 ngôi, xây tháp được 5 ngọn, lập tăng đường hơn 200 sở, độ tăng và ni hơn 15.000 người, in được một bộ kinh Đại Tạng, đệ tử đắc pháp hơn 3000 người, thành Đại pháp sư có 6 vị.
Đương thời, Pháp Loa biên soạn nhiều sách Phật học như “tham thiền chỉ yếu", “Pháp nguyên văn". Quốc sư còn viết “Đoạn sách lục", một bản niên phả khá chi tiết về cuộc đời và hành trạng của Điều Ngự Đầu Đà Trần Nhân Tông. Ngoài ra, ông cũng chú giải một số bộ kinh như “Kim cương đại trường đà la ni kinh", “Tán Pháp hoa kinh khoa sớ", “Bát nhã đa tâm kinh"… Rất tiếc, phần lớn trước tác Phật học của Quốc sư đến nay đều đã thất lạc, chỉ còn một phần “Đoạn sách lục" và một phần sách “Tham thiền chỉ yếu" là còn giữ được và được in vào bộ sách “Tam tổ thực lực".
Năm 1329 đời vua Trần Hiến Tông, Pháp Loa cùng các môn đệ mở rộng thêm cảnh chùa ở Thanh Mai và Côn Sơn. Ngày mồng 5 tháng 2 năm 1330 trong khi đang giảng kinh tại thiền viện An Lạc, Pháp Loa lâm bệnh. Tới ngày 11 tháng 2 bệnh nặng hơn, ông trở về Thiền viện Quỳnh Lâm để tĩnh dưỡng, ngày mùng 1 tháng 3 năm 1330 Thượng Hoàng Trần Minh Tông đích thân tới thăm và cho truyền ngự y chữa trị, nhưng bệnh tình không thuyên giảm. Ngày mùng 3 tháng 3 năm 1330 bệnh của ngài trở lên trầm trọng, các đệ tử quỳ xuống thưa: “Xưa nay các bậc đại ngộ, lúc sắp viên tịch đều có những lời kệ để lại cho đời sau, sao riêng thầy không có", Pháp Loa ngồi dậy cầm bút viết bài kệ:
Muôn duyên cắt đứt một thân nhàn
Trót nửa cuộc đời mộng thế gian
Nhắn bảo mọi người thôi chớ hỏi
Bên kia trăng gió đẹp mênh mang.
Tư tưởng Phật giáo Trúc Lâm mà ông để lại: “Phật ở tại tâm, ai có tâm thì đều có Phật, thành Phật, chính là thành nơi tâm của con người." Viết xong bài kệ, ngài đã viên tịch, trụ thế 46 năm (tức 46 tuổi). Đệ tử theo lời phó chúc của Quốc sư đem xá lị liên nhập tháp tại núi Thanh Mai. Ngày 11 tháng 3, Thái Thượng Hoàng Trần Minh Tông thương tiếc bậc Quốc sư đã về Thanh Mai kính viếng và ngự bút ban hiệu cho Đệ Nhị Tổ là Tịnh Trí Tôn Giả, tên tháp là “Viên Thông Bảo Tháp", tặng 10 lạng vàng để xây tháp.
Phía sau nhà Tổ là Tháp Viên Thông nơi chứa Xá Lỵ của Thiền sư Pháp Loa, tương truyền được xây dựng ngay sau khi Pháp Loa nhập tịch. Khởi nguyên Tháp được làm bằng đất nung, vào cuối thế kỷ 17, đầu thế kỷ 18 tháp bị đổ nát. Các vương phi, thái tử của Chúa Trịnh Giang đã phát tâm xây dựng ngôi tháp bằng đá. Sang đầu thế kỷ 20 tháp bị hư hại nặng lề, năm 1999 Bảo tàng Hải Dương đã trùng tu lại ngôi tháp cao trên 4m, với chất liệu bằng đá muối như hiện nay.
Phía trước chùa là vườn tháp với 8 ngôi Tháp mộ của các nhà sư đã trụ trì ở đây, trong vườn Tháp có Viên Thông Bảo Tháp dựng năm 1330 còn lại 7 ngôi tháp có niên đại vào thời Hậu Lê .
Chùa Thanh Mai khởi dựng từ thời Trần. Trải qua gần 7 thế kỷ tồn tại, các kiến trúc của ngôi chùa bị thiên nhiên tàn phá, các di vật cổ vật hầu như bị hư hại và mất gần hết. Song tại chùa Thanh Mai, hiện còn bảo tồn được một số tấm bia thời Trần và Lê: Thanh Mai Viên Thông Tháp bi (1362); Trùng tu Thanh Mai Tự bi (1610); Trùng tu Phật Tích Sơn Bi ký (1707); Trùng tu Phật Tích Sơn, Thanh Mai tự bi ký (1708); Bia trên Phổ Quang Tháp (1702); Bia trên Tháp Linh Quang (1703); Bia trên Viên Thông Tháp (1718); Bốn ngôi tháp mộ: Linh Quang tháp, Phổ Quang tháp, Tịch Quang tháp, Viên Thông Bảo tháp
Trong 7 văn bia thì Thanh Mai Viên thông Tháp bi là tấm bia quý giá nhất, được khắc khoảng 5.000 chữ Hán theo lối Triện Thư và Lệ Thư, đây là một tấm bia thuộc loại quý hiếm của thời Trần, có niên đại tuyệt đối năm Đại Trị thứ 5 (1362). Với những giá trị to lớn về lịch sử văn hóa, mỹ thuật và nghệ thuật thư pháp. Ngày 22/12/2016, Thủ tướng Chính Phủ ban hành Quyết định số 2496/QĐ-TTg công nhận bia “Thanh Mai Viên Thông tháp bi" là bảo vật Quốc gia.
Đầu tháng 7 năm 2021, UBND tỉnh Hải Dương phối hợp với Hội Khảo cổ học Việt Nam tiến hành khai quật Khảo cổ học khu vực Thanh Mai 2 (cách chùa Thanh Mai hiện nay 400m), với diện tích ban đầu 400m2. Kết quả khai quật đã đào phát lộ nền móng kiến trúc ngôi chùa cổ, quy mô mặt bằng tổng thể cấu trúc dựa theo sườn núi, các cấp nền kè đá cao dần từ dưới lên trên, tổng diện tích trên 1.200m2. Các dấu tích còn lại cho thấy có 3 lớp kiến trúc của thời Trần (thế kỷ XIV), Lê trung hưng (thế kỷ XVII-XVIII), Nguyễn (thế kỷ XIX - XX) chồng xếp lên nhau. Cuộc khai quật còn tìm thấy gần 1.000 di vật gồm: gạch, ngói, vật liệu trang trí, gốm men, gốm sành, có niên đại từ thời Trần đến thời Nguyễn.
Kết quả khai quật Khảo cổ học một lần nữa đã khẳng định chùa Thanh Mai đã từng tồn tại lâu dài và xuyên suốt 700 năm lịch sử. Chùa có vị trí đặc biệt trong hệ thống các ngôi chùa thời Trần. Có vai trò quan trọng kết nối con đường hành đạo của Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử với kinh đô Thăng Long. Những giá trị lịch sử văn hóa, cùng các tư liệu Phật giáo của chùa Thanh Mai là những tư liệu quý hiếm, và hoàn toàn tin cậy góp phần quan trọng cho công tác bổ sung tư liệu hoàn thiện hồ sơ đề nghị UNESCO xếp hạng Quần thể di tích Yên Tử - Côn Sơn Kiếp Bạc, Vĩnh Nghiêm, Thanh Mai là di sản thế giới.
Hàng năm cứ vào ngày giỗ của Pháp Loa cũng chính là ngày hội truyền thống nơi đây. Lễ hội diễn ra từ ngày mùng 1 đến ngày mùng 3 tháng 3 Âm lịch, với sự tham gia đông đảo của Giáo hội Phật giáo cũng như các quý tín đồ, phật tử gần xa.
Chùa Thanh Mai được Bộ Văn hóa Thông tin (nay là Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch) xếp hạng di tích lịch sử và nghệ thuật Quốc gia theo Quyết định số 97/QĐ ngày 21/01/1992. Hiện chùa Thanh Mai là 01 trong 05 di tích thành phần của thành phố Hải Phòng trong hồ sơ Quần thể di tích và danh thắng Yên Tử - Vĩnh Nghiêm - Côn Sơn, Kiếp Bạc trình UNESCO công nhận là di sản thế giới.
